O Programa de Pós-Graduação em Química (mestrado e doutorado), aprovado pela CAPES com conceito 5, tem hoje um amplo leque de opções em linhas de pesquisas nas grandes áreas da Química (Química Analítica, Química Orgânica, Química Inorgânica, Físico-química e Educação em Química), com um corpo de orientadores capacitados (mais de 70% com pós-doutorado no exterior), e com mais de 150 defesas de teses e dissertações desde seu início. A infraestrutura de pesquisa do Departamento de Química da UFJF tem hoje uma condição excelente, podendo desenvolver trabalhos nas mais variadas áreas de fronteira da Química. O Programa tem bolsas da CAPES e da FAPEMIG, além das bolsas internas da própria UFJF, com o mesmo valor das bolsas das agências.