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dc.contributor.advisor1Diniz, Cláudio Galuppo-
dc.contributor.advisor1Latteshttp://lattes.cnpq.br/2688723320639663pt_BR
dc.contributor.advisor-co1Silva, Vânia Lúcia da-
dc.contributor.advisor-co1Latteshttp://lattes.cnpq.br/pt_BR
dc.contributor.advisor-co2Medeiros, Julliane Dutra-
dc.contributor.advisor-co2Latteshttp://lattes.cnpq.br/6907463977413574pt_BR
dc.contributor.referee1Fontes, Cláudia Oliveira-
dc.contributor.referee1Latteshttp://lattes.cnpq.br/pt_BR
dc.contributor.referee2Sabino, Yasmin Neves Vieira-
dc.contributor.referee2Latteshttp://lattes.cnpq.br/0149212201652157pt_BR
dc.contributor.referee3Moreira, Maria Aparecida Scatamburlo-
dc.contributor.referee3Latteshttp://lattes.cnpq.br/6920428131714639pt_BR
dc.contributor.referee4Almeida, Felipe Alves de-
dc.contributor.referee4Latteshttp://lattes.cnpq.br/pt_BR
dc.creatorMacedo, Ana Caroline Lopes de Paula-
dc.creator.Latteshttp://lattes.cnpq.br/2587218731844659pt_BR
dc.date.accessioned2024-03-08T15:49:26Z-
dc.date.available2024-03-08-
dc.date.available2024-03-08T15:49:26Z-
dc.date.issued2023-12-22-
dc.identifier.urihttps://repositorio.ufjf.br/jspui/handle/ufjf/16669-
dc.description.abstractThe cheese microbiota is highly diverse, and its characterization may provide knowledge about microbiological quality and sanitary safety issues. Of special interest concerns are rising on the role of cheeses as reservoir of bacteria resistant to antimicrobial drugs as the resistance phenomena gain visibility in the One Health approach. Considering economic and cultural relevance of Minas Frescal Cheese (MFC), the aim of this study was to elucidate the identity of dominant bacterial populations in its microbiota through high-throughput sequencing, and to investigate the involvement of MFC in the ecology of antimicrobial drug-resistance. For microbiota sequencing, the workflow consisted of sample processing, DNA extraction, 16S rRNA amplicon library preparation, sequencing on the Illumina MiSeq platform and bioinformatics data analysis. In a second moment, antimicrobial susceptibility patters were evaluated for Gram-negative rods isolated in QMF samples on MacConkey Agar. DNA extraction and class 1 integron screening using the polymerase chain reaction (PCR) technique were performed for isolates that showed resistance to any of the antimicrobials tested. Three non-fermenting Gram negative (NFGN) rods were selected, based on the relevance of their resistance phenotype and presence of class1 integrons, for whole genome sequencing. In high-throughput sequencing analsys, it was observed that cheeses were brand-clustered, exhibiting unique bacterial profiles which varied in diversity and abundance of taxa. Proteobacteria dominated in all samples, corresponding to a mean of 88.7% from all sequences. Bacteria groups associated with low sanitary quality such as, as Pseudomonas, Acinetobacter and Vibrio were highly frequent in most of brands. The core microbiome shared by 100% of the samples showed predominance of enterobacteria. The susceptibility profile of the recovered isolates demonstrated that, among enterobacteria, 37% were resistant to ampicillin, 10% to cefoxitin and 16% to amoxicillin. Among NFGN rods, 76% were resistant to ampicillin, 71% to sulfazotrim and 6% to ceftazidime. The class 1 integron gene was detected in three NFGN rods resistant to ampicillin and sulfazotrim, of which two belonged to the same strain. The isolates selected for whole genome sequencing were identified as Acinetobacter ursingii, Pseudomonas juntendi and Pseudomonas ssp. Preliminary analyzes indicated the presence of genes associated to efflux pumps and resistance to aminoglycosides in the genomes. In general, theses data highlight to a concern regarding the occurrence of opportunistic pathogens in QMF, which can act as hosts for antimicrobial resistance genes, posing an additional risk for consumers.pt_BR
dc.description.resumoA microbiota dos queijos é bastante diversificada e sua caracterização pode fornecer informações relevantes sobre qualidade microbiológica e questões sanitárias. Investigações sobre o papel dos queijos como reservatório de bactérias resistentes aos antimicrobianos tem suscitado preocupações, à medida que o fenômeno da resistência ganha visibilidade na abordagem de Saúde Única. Considerando a relevância econômica e cultural do Queijo Minas Frescal (QMF), o objetivo deste estudo foi elucidar a identidade de populações bacterianas dominantes em sua microbiota através do sequenciamento de alto rendimento, e investigar o envolvimento do QMF na ecologia da resistência aos antimicrobianos. Para o sequenciamento da microbiota, o fluxo de trabalho consistiu no processamento das amostras, extração de DNA, preparação da biblioteca de amplicon 16S rRNA, sequenciamento na plataforma Illumina MiSeq e análise de dados utilizando ferramentas de bioinformática. Além disso, os padrões de suscetibilidade bacteriana aos antimicrobianos foram avaliados para bastonetes Gram-negativos isolados de amostras de QMF em Ágar MacConkey. A extração de DNA e pesquisa de integron de classe 1 por técnica de reação em cadeia da polimerase (PCR) foi realizada para os isolados que apresentaram resistência a algum dos antimicrobianos testados. Três bastonetes Gram-negativos não fermentadores de glicose (BGNNF) foram selecionados para o sequenciamento completo do genoma, baseando-se na relevância do fenótipo de resistência apresentado e na presença de integrons de classe 1. Primeiramente, através do sequenciamento da microbiota do QMF, observou-se que os queijos foram agrupados em marcas, exibindo perfis bacterianos únicos que variaram em diversidade e abundância de táxons. O filo Proteobacteria foi dominante em todas as amostras, correspondendo a uma média de 88,7% de todas as sequências. Grupos de bactérias associados a baixa qualidade sanitária como Pseudomonas, Acinetobacter e Vibrio foram frequentes na maioria das marcas. A microbiota central comum (core) compartilhado por 100% das amostras apresentou predominância de enterobactérias. Um total de 217 bastonetes Gram negativos foram recuperados por cultura seletiva das amostras de QMF. O perfil de susceptibilidade dos isolados recuperados demonstrou que, entre as enterobactérias, 37% foram resistentes à ampicilina, 10% a cefoxitina e 16% a amoxicilina. Entre os BGNNF, 76% foram resistentes a ampicilina, 71% ao sulfazotrim e 6% a ceftazidima. O gene para integron de classe 1 foi detectado em três isolados BGNNF resistentes a ampicilina e sulfazotrim, dos quais dois pertenciam a mesma linhagem. Os isolados selecionados para o sequenciamento completo de genoma foram identificados como Acinetobacter ursingii, Pseudomonas juntendi e Pseudomonas spp. Análises preliminares dos genomas revelaram a presença de genes associados a expressão de bombas de efluxo e resistência aos aminoglicosídeos. Em geral, os dados relatados apontam para uma preocupação quanto à ocorrência de patógenos oportunistas em QMF, os quais podem atuar como hospedeiros de genes de resistência aos antimicrobianos, configurando um risco adicional para os consumidores.pt_BR
dc.languageporpt_BR
dc.publisherUniversidade Federal de Juiz de Fora (UFJF)pt_BR
dc.publisher.countryBrasilpt_BR
dc.publisher.departmentICB – Instituto de Ciências Biológicaspt_BR
dc.publisher.programPrograma de Pós-graduação em Ciências Biológicas: Imunologia e Doenças Infecto-Parasitárias/Genética e Biotecnologiapt_BR
dc.publisher.initialsUFJFpt_BR
dc.rightsAcesso Embargadopt_BR
dc.rightsAttribution-NonCommercial-NoDerivs 3.0 Brazil*
dc.rights.urihttp://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/3.0/br/*
dc.subjectQueijo Minas Frescalpt_BR
dc.subjectMicrobiotapt_BR
dc.subjectSequenciamento de alto rendimentopt_BR
dc.subjectResistênciapt_BR
dc.subjectAntimicrobianopt_BR
dc.subjectIntegronpt_BR
dc.subjectMinas Frescal Cheesept_BR
dc.subjectHigh throughput sequencingpt_BR
dc.subjectMicrobiotapt_BR
dc.subjectResistancept_BR
dc.subjectAntimicrobialpt_BR
dc.subjectIntegronpt_BR
dc.subject.cnpqCNPQ::CIENCIAS BIOLOGICASpt_BR
dc.titleMicrobiota do queijo Minas Frescal: diversidade bacteriana e resistência aos antimicrobianospt_BR
dc.typeTesept_BR
Appears in Collections:Doutorado em Ciências Biológicas - Imunologia e Doenças Infecto - Parasitárias/Genética e Biotecnologia (Teses)



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